Це шаблон для сторінки семінару. Видаліть ці рядки та використайте його для налаштування свого семінару (інструкція англійською знаходиться
тут).
Якщо ви ще не відправили запит на семінар або ведете його самостійно, будь ласка, заповніть цю
форму,
щоб повідомити нас про ваш семінар. Ми зв'яжемось з вами, якщо нам знадобиться додаткова інформація.
Якщо це перший семінар для нового уроку, вкажіть значення `true` в полі `pilot` у файлі `_config.yml`.
Для семінарів, які викладають уроки з Carpentries Incubator, треба видалити коментарі з полей `incubator_lesson_site`, `incubator_pre_survey`, та `incubator_post_survey` у файлі `_config.yml`.
Здається, що ви налаштовуєте вебсайт для навчального плану Software Carpentry, але не вказали його тип у файлі _config.yml (поточне значення у _config.yml: "FIXME", possible values: swc-inflammation, або swc-gapminder). Після редагування цього файлу вам потрібно знову запустити make serve, щоб побачити результат цих змін.
Загальна інформація
Проєкт Carpentries складається з Software Carpentry, Data Carpentry, та
Library Carpentry, які обʼєднують спільноти їх інструкторів, тренерів, супроводжувачів, помічників і прихильників. Вони мають спільну місію — навчати науковців базовим навичкам досліджень за допомогою обчислювальних методів.
Хочете дізнатися більше та підтримувати співпрацю з Carpentries? Carpentries Clippings — це двотижневий інформаційний вісник про Carpentries, де ми ділимося новинами спільноти, оголошеннями про вакансії тощо.
Зареєструйтеся, щоб отримувати наступні видання та читати наш повний архів: https://carpentries.org/newsletter/
Software Carpentry
має на меті допомогти дослідникам виконати свою роботу якнайшвидше
з меншими проблемами, навчаючи їх базовим навичкам,
які необхідні для наукових обчислень. Цей практичний семінар охоплюватиме
основні концепції та інструменти. В тому числі, розробку програм,
контроль версій, управління даними та автоматизацію завдань.
Слухачів закликають допомагати один одному та застосовувати
отримані знання для власних дослідницьких задач.
Для отримання додаткової інформації про те, чого ми навчаємо і чому,
будь ласка, перегляньте нашу статтю
"Best Practices for Scientific Computing"
(Найкращі практики для наукових обчислень).
Аудиторія:
Курс орієнтований на аспірантів та інших дослідників.
Вам не потрібно мати жодних попередніх знань про програми,
які будуть представлені на семінарі.
Вимоги:
Слухачі повинні мати з собою ноутбук з операційною системою Mac, Linux або Windows (не планшет, Chromebook тощо), на якому вони мають права адміністратора.
У них має бути встановлено декілька спеціальних програмних пакетів (перелічених тут).
Доступність:
Ми прагнемо зробити цей семінар зручним для всіх. Для офлайн-семінару
організатори переконалися, що:
приміщення пристосоване для інвалідних візків/самокатів;
наявні облаштовані вбиральні.
Матеріали будуть надані до початку семінару. Також нотатки з великим шрифтом будуть доступні за потреби, якщо ви заздалегідь попередите про це організаторів. Якщо ми можемо допомогти вам полегшити навчання (наприклад, надати сурдоперекладача або приміщення для лактації), будь ласка, зв'яжіться з нами (використовуючи контактні дані нижче), і ми спробуємо задовольнити вашу потребу.
Ролі:
Щоб дізнатися більше про ролі учасників семінару (інструктор, помічник, організатор, слухач), зверніться до Workshop FAQ.
Кодекс поведінки
Кожен, хто бере участь у діяльності Carpentries, зобов'язаний дотримуватися Кодексу поведінки. У цьому документі також зазначено, як повідомити про інцидент, якщо це необхідно.
Опитування
Будь ласка, обов'язково заповніть ці опитування до та після семінару.
Для участі у семінарах
Software Carpentry
вам знадобиться доступ до програмного забезпечення, яке наведено нижче.
Крім того, вам знадобиться сучасний веббраузер.
Ми склали список типових проблем, які виникають під час встановлення програмного забезпечення, як довідник для інструкторів. Він може вам знадобитися на вікі-сторінці
Проблеми конфігурації та рішення.
Нерозпізнане значення для змінної curriculum встановленої у
_config.yml. Наразі змінна має значення:
FIXME. Перевірте значення
carpentry та curriculum у файлі
_config.yml.
Оболонка Bash
Bash — це розповсюджена оболонка, яка використовується для виконання команд з командного рядка.
Натисніть "Далі" чотири рази (двічі, якщо ви раніше встановлювали Git).
Вам не потрібно нічого змінювати на екранах "Information" (Iнформація),
"Location" (Розташування), "Components" (Компоненти) та "Start Menu" (меню "Пуск").
У випадаючому меню "Choosing the default editor used by Git"
(Вибір редактора, що використовується Git за замовчуванням) виберіть
"Use the Nano editor by default" (Використовувати редактор Nano за замовчуванням)
(ПРИМІТКА: вам потрібно буде прокрутити вгору, щоб знайти його),
і натисніть "Next" (Далі).
На сторінці з написом "Adjusting the name of the initial branch in new repositories"
(Коригування назви початкової гілки в нових репозиторіях") переконайтеся, що вибрано
"Let Git decide" (Дозволити Git вирішити). Це забезпечить найвищий рівень сумісності
наших уроків.
Переконайтеся, що вибрано "Git from the command line and also from 3rd-party software"
(Git з командного рядка, а також з програмного забезпечення 3-ї сторони) та
натисніть на "Next" (Далі). (Якщо ви цього не зробите, Git Bash не працюватиме
належним чином, вимагаючи від вас видалити інсталяцію Git Bash, повторно запустити
інсталятор та вибрати опцію "Git from the command line and also from 3rd-party software".)
Виберіть "Use bundled OpenSSH" (Використовувати OpenSSH з цього дистрибутиву).
Переконайтеся, що вибрано "Use the native Windows Secure Channel Library"
(Використовувати вбудовану бібліотеку захищених каналів Windows), і натисніть "Next" (Далі).
Переконайтеся, що вибрано "Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings"
(Працювати у стилі Windows, зберігати у стилі Unix) і
натисніть "Next" (Далі).
Переконайтеся, що вибрано "Use Windows' default console window"
(Використовувати вікно консолі Windows за замовчуванням), і натисніть "Next" (Далі).
Переконайтеся, що вибрано "Default (fast-forward or merge)"
(За замовчуванням (перемотування вперед або злиття)), і натисніть "Next" (Далі).
Переконайтеся, що вибрано "Git Credential Manager"
(Менеджер облікових даних Git), і натисніть "Next" (Далі).
Переконайтеся, що вибрано "Enable file system caching"
(Дозволити кешування файлової системи), і натисніть "Next" (Далі).
Click on "Install" (Встановити).
Натисніть на "Finish" (Готово) або "Next" (Далі).
Якщо вашу змінну середовища "HOME" (ДОМАШНІЙ КАТАЛОГ) не встановлено (або ви не знаєте, що це таке):
Відкрийте командний рядок (відкрийте Start Menu (меню "Пуск"), потім введіть
cmd
і натисніть Enter)
Введіть наступний рядок у вікно командного рядка саме так, як показано:
setx HOME "%USERPROFILE%"
Натисніть Enter і ви повинні побачити
SUCCESS: Specified value was saved.
Вийдіть із командного рядка, ввівши
exit
потім натиснувши Enter
Це надасть вам як Git, так і Bash у програмі Git Bash.
Відео-інструкція
Оболонка за замовчуванням в Mac OS X Ventura і більш нових версіях - це Zsh,
але Bash доступний у всіх версіях, тому встановлювати нічого не потрібно.
Доступ до Bash можна отримати з терміналу (знаходиться в
/Applications/Utilities).
Перегляньте відео-інструкцію
інсталяції Git для прикладу того, як відкрити Термінал.
Можливо, ви захочете закріпити Термінал на панелі задач для цього семінару.
Щоб перевірити, що Bash є вашою оболонкою за замовчуванням, введіть echo $SHELL
у Терміналі та натисніть клавішу Return. Якщо виведене повідомлення
не завершується на '/bash', вашою оболонкою за замовчуванням є щось інше.
Ви можете змінити вашу поточну командну оболонку на Bash введенням
bash і натисканням Return. Щоб перевірити поточну
командну оболонку, введіть echo $0 і натисніть Return.
Щоб змінити оболонка за замовчуванням у Bash, введіть chsh -s /bin/bash
і натисніть клавішу Return, а потім перезавантажте компʼютер, щоб зміни набули чинності.
Щоб змінити значення за замовчуванням назад на Zsh, введіть chsh -s /bin/zsh, натисніть клавішу
Return і перезавантажте компʼютер. Щоб перевірити доступні оболонки, введіть
cat /etc/shells.
Відео-інструкція
Оболонкою за замовчуванням, як правило, є Bash, і зазвичай немає потреби нічого встановлювати.
Щоб перевірити, що Bash є вашою оболонкою за замовчуванням, введіть echo $SHELL
у Терміналі та натисніть клавішу Return. Якщо виведене повідомлення
не завершується на '/bash', вашою оболонкою за замовчуванням є щось інше.
Ви можете змінити вашу поточну командну оболонку на Bash введенням
bash і натисканням Return. Щоб перевірити поточну
командну оболонку, введіть echo $0 і натисніть Return.
Щоб змінити оболонку за замовчуванням у Bash, введіть chsh -s /bin/bash
і натисніть клавішу Return, а потім перезавантажте компʼютер, щоб зміни набули чинності.
Щоб змінити значення за замовчуванням назад на Zsh, введіть chsh -s /bin/zsh, натисніть клавішу
Return і перезавантажте компʼютер. Щоб перевірити доступні оболонки, введіть
cat /etc/shells.
Git
Git — це система контролю версій, яка дозволяє відстежувати,
хто і коли вносив зміни, а також має опції для легкого оновлення
спільної чи загальнодоступної версії вашого коду
на github.com. Вам знадобиться
веббраузер, що підтримується
на вашому пристрої.
Також, ви маєте створити обліковий запис за адресою github.com
для частин уроку Git. Базові облікові записи GitHub безкоштовні.
Ми рекомендуємо вам створити обліковий запис GitHub, якщо у вас його
ще немає. Будь ласка, подумайте, яку особисту інформацію ви хочете
розкрити. Наприклад, ви можете переглянути ці
інструкції
щодо збереження конфіденційності вашої адреси електронної пошти,
які надані на GitHub.
Для macOS, встановіть Git для Mac,
завантаживши та запустивши найсвіжіший інсталятор "mavericks" з цього
списку.
Оскільки цей інсталятор не підписано розробником, вам, можливо,
доведеться клацнути правою кнопкою миші на файл .pkg,
або натиснути Control та просто клацнути мишею.
Після встановлення Git у вашій папці /Applications
нічого не буде, оскільки Git є програмою, яка використовується
за допомогою командного рядка.
Для старіших версій OS X (10.5-10.8) використовуйте
останній доступний інсталятор з позначкою "snow-leopard", доступний
тут.
Відео-інструкція
Якщо Git ще не доступний на вашому комп'ютері, ви можете спробувати встановити його за
допомогою менеджера пакетів вашого дистрибутива. У Debian/Ubuntu Linux використовуйте
sudo apt-get install git, а у Fedora Linux
sudo dnf install git.
Текстовий редактор
Коли ви пишете код, приємно мати текстовий редактор, оптимізований для
написання коду, з такими функціями, як автоматичне кольорове підсвічування
ключових слів. Текстовий редактор за замовчуванням у macOS і Linux
зазвичай Vim, який не є інтуїтивним та зрозумілим.
Якщо ви випадково "застрягли" в ньому, натисніть клавішу
Esc, а потім :+Q+!
(двокрапка, маленька літера 'q', знак оклику), а потім натисніть
клавішу Return, щоб повернутися до оболонки.
nano є простим і основним редактором, який інструктори
використовують на семінарі.
Встановлюється разом з Git.
nano є простим і основним редактором, який інструктори
використовують на семінарі.
Перегляньте відеоінструкцію
зі встановлення Git для прикладу того, як відкрити nano.
Він повинен бути попередньо встановлений.
Відео-інструкція
nano є простим і основним редактором, який інструктори
використовують на семінарі.
Він повинен бути попередньо встановлений.
R
R - це мова програмування,
яка особливо потужна для дослідження, візуалізації та статистичного
аналізу даних. Для взаємодії з R ми використовуємо
RStudio.
Встановіть R, завантаживши та запустивши
цей файл .exe
з CRAN.
Також, будь ласка, встановіть
RStudio IDE.
Зверніть увагу, що якщо у вас є окремі облікові записи
користувачів і адміністраторів, вам слід запускати інсталятори
від імені адміністратора (клацніть правою кнопкою миші на .exe
файлі та виберіть "Запуск від імені адміністратора" замість
подвійного клацання). А інакше проблеми можуть виникнути
пізніше, наприклад, при встановленні пакетів R.
Інструкції щодо встановлення R на різних платформах Linux
(debian, fedora, redhat та ubuntu) можна знайти за адресою
<https://cran.r-project.org/bin/linux/>. Вони накажуть вам
скористатися вашим менеджером пакетів (наприклад, для Fedora
запустіть sudo dnf install R, а для Debian/Ubuntu
додайте репозиторій ppa і потім запустіть
sudo apt-get install r-base).
Також, будь ласка, встановіть
RStudio IDE.
Python
Python - це популярна мова для
дослідницьких обчислень, яка також чудово підходить для загального
програмування. Встановлення всіх дослідницьких пакетів
окремо може бути дещо складним, тому ми рекомендуємо інсталятор "все в одному"
Anaconda.
Незалежно від того, як ви вирішите його встановити,
переконайтеся, що ви встановили Python версії 3.x
(наприклад, 3.6 підійде).
Ми будемо вивчати Python за допомогою
Jupyter Notebook,
що є середовищем програмування, яке працює у веббраузері
(Jupyter Notebook буде встановлено за допомогою Anaconda).
Для того, щоб це працювало, вам знадобиться досить сучасний браузер.
Підтримуються
поточні версії браузерів Chrome, Safari та Firefox
(деякі старіші браузери, зокрема Internet Explorer версії 9
і старші, не підтримуються).
Завантажте інсталятор Anaconda для Windows з Python 3.
(Якщо ви не впевнені, яку версію вибрати, вам, ймовірно, потрібен 64-розрядний графічний
інсталятор Anaconda3-...-Windows-x86_64.exe)
Встановіть Python 3, запустивши інсталятор Anaconda, використовуючи для встановлення всі
значення за замовчуванням. Тільки не забудьте позначити пункт
Add Anaconda to my PATH environment variable
(Додати Anaconda до моєї змінної середовища PATH).
Завантажте інсталятор Anaconda з Python 3 для macOS (ви можете використовувати
інсталятор який використовує графічний інтерфейс користувача або командний рядок).
Встановіть Python 3, запустивши інсталятор Anaconda, використовуючи для встановлення
всі значення за замовчуванням.
Завантажте інсталятор Anaconda з Python 3 для Linux.
(Для встановлення потрібно використовувати оболонку. Якщо вам незручно виконувати
установку самостійно, зупиніться тут і попросіть допомоги на семінарі.)
Відкрийте вікно терміналу та перейдіть до каталогу, куди завантажено виконуваний
файл (наприклад, 'cd ~/Downloads').
Введіть
bash Anaconda3-
і натисніть
Tab , щоб автоматично завершити повне ім'я файлу. Має з'явитися
ім'я файлу, який ви щойно завантажили.
Натисніть Enter
(або Return залежно від клавіатури).
Ви будете слідувати текстовим підказкам.
Щоб переміщатися по тексту, натисніть Spacebar.
Введіть yes і натисніть клавішу Enter,
щоб погодитися з ліцензією.
Натисніть Enter (або Return), щоб
затвердити розташування файлів за замовчуванням.
Введіть yes і натисніть
Enter (або Return),
щоб додати Anaconda до вашого PATH
(тоді за замовчуванням буде використовуватися Python з дистрибутиву Anaconda).